Um Mikroorganismen, die mit der Nahrung zugeführt werden, unschädlich machen zu können, bildet der Magen Salzsäure. Außerdem benötigen bestimmte Verdauungsenzyme ein saures Milieu, damit sie ihre optimale Wirkung entfalten können. Damit die aggressive Salzsäure nicht auch die Magenwände angreift, wird in den sogenannten Nebenzellen der Magenschleimhaut Schleim gebildet, der den gesamten Magen innen auskleidet.
Wenn dieser Schutzmechanismus allerdings nicht mehr funktioniert, schadet die starke Säure der Magenschleimhaut, und es kommt zu den entsprechenden Beschwerden wie Magenschleimhaut-entzündungen oder -geschwüre. In solchen Fällen versucht man mit Medikamenten die im Magen entstehende Säure zu binden (das machen die sogenannten Antazida) oder sie gar nicht erst entstehen zu lassen – das bewirken die Protonenpumpenhemmer.